四川農業(yè)大學作物栽培與耕種學專業(yè)歷史悠久，于1959年招收第一位碩士生，1983年獲碩士學位授權點，2001年獲博士學位授權點。所在學科現(xiàn)為四川省重點學科的“211工程”二期重點建設學科。學科設備先進，有光合測定系統(tǒng)、自動定氮儀、谷物品質分析儀、根系監(jiān)測系統(tǒng)等先進儀器。在作物高產、優(yōu)質、高效理論與技術、區(qū)域生態(tài)農業(yè)、植物生理及調控技術和生物資源的可持續(xù)性利用方面正在進行著深入系統(tǒng)的研究，已獲得國家科技進步三等獎和四川省科技進步一等獎等多項獎項。

　　090102作物遺傳育種

　　0901Z1藥用植物學（自設）

　　我校藥用植物專業(yè)是學校根據作物學科發(fā)展實際和特色，于2006年起自主設立的二級學科，招收博士和在職碩士。學科師資力量較強，儀器設備良好，具有氣質聯(lián)用儀、高效色譜儀，蛋白純化系統(tǒng)、紫外分光光度計、微波提取裝置、冷凍離心機、人工智能培養(yǎng)箱、光合測定系統(tǒng)、熒光顯微鏡、熒光定量PCR儀、PCR儀、超凈工作臺等先進儀器設備。在藥用植物資源評價與利用、優(yōu)良品種選育、優(yōu)質高產規(guī)范化栽培技術、藥用植物次生代謝分子調控機制等方面有良好的研究基礎和取得了一些成果。

　　0901Z2煙草學（自設）

　　川農煙草學碩士點是依托于深厚的作物學科基礎上設立的二級學科。主要研究方向：

　　1、煙草生產與加工該方向主要涉及煙草栽培學和煙葉調制學，研究煙草生長發(fā)育規(guī)律、煙草產量和品質形成的生理機理；生態(tài)環(huán)境因子及植煙土壤礦質營養(yǎng)對煙草生長和品質的影響；以提高煙葉烘烤質量、增加效益為核心，重點研究煙葉成熟采收與調制過程中主要有機物質轉化等調制機理、香氣物質的形成；以及煙葉調制設備和工藝技術的優(yōu)化研究。

　　2、煙草遺傳育種該方向主要涉及煙草種質資源的考察、培育和開發(fā)利用；利用傳統(tǒng)育種技術和與分子育種技術，以改善煙草農藝性狀、抗性和煙葉香氣品質為目標，開展煙草形態(tài)、生育期、抗�。�逆）性和經濟性狀、煙草營養(yǎng)與香吃味品質性狀指標的遺傳特點研究。

　　0904植物保護

　　植物保護學科隸屬于農學學科門類中的一個一級學科，是研究農作物病、蟲、草等有害生物的生物學特性、發(fā)生危害機理以及與環(huán)境條件的互作機制、監(jiān)測預警和防控技術的一門綜合型學科。該學科堅持基礎研究、應用基礎研究和應用研究緊密結合，協(xié)調發(fā)展，用現(xiàn)代植保理念和生物技術提升傳統(tǒng)植保，為有害生物綜合治理提供新理論、新技術、新方法和新產品，為植�？沙掷m(xù)發(fā)展、農產品安全和國家糧食安全提供科技支撐。

　　四川農業(yè)大學植物保護學科沿承1936年成立的四川大學植物病蟲系，具有近80年的悠久歷史和較為雄厚的研究實力。從1956年在雅安獨立建校后，植物保護學科便與作物學科長期共存，協(xié)同發(fā)展。于1987年獲植物病理學碩士學位授予權，1998年成為國家“211工程”重點建設學科，2006年獲植物病理學博士學位授予權和植物保護一級學科碩士學位授予權。四川農業(yè)大學植物保護學一級學科點下設植物病理學、農業(yè)昆蟲學和農藥學三個二級學科，其中植物病理學為四川省級重點學科（2008年）。二級學科點下設不同的研究方向，已形成植物抗病性及利用、分子植物病理學、植物病害生物防治、植物病害及其綜合治理、昆蟲生態(tài)與害蟲治理、害蟲生物防治、農藥毒理學、生物源農藥等穩(wěn)定且特色鮮明的研究方向。該學科現(xiàn)有三個校內教學科研基地（位于溫江、崇州、雅安）和五個校外大學生創(chuàng)新實踐基地，學科建有病蟲害綜合治理實驗室、分子植物病理室、無公害農藥研究實驗室等多個功能實驗室�，F(xiàn)已擁有四川西南作物重大病害實驗室、作物科學實驗教學中心、西南作物基因資源與遺傳改良、川糧豐產高效協(xié)同創(chuàng)新中心、無公害農藥研究實驗室等部省級研究平臺。擁有一大批先進實驗儀器，如超高速冷凍離心機、蔡司熒光顯微鏡、蔡司體式顯微鏡、激光共聚集顯微鏡、掃描電鏡、熒光定量PCR儀、氣質聯(lián)用儀、液相色譜儀等。目前擁有近8000m2科研用房，約1000畝的作物病蟲害綜合防控試驗基地以及價值近1億元的儀器設備，科研條件已達到國際先進水平。這些條件為該學科人才培養(yǎng)和科學研究提供了良好的基礎。

　　該學科十分注重學術隊伍的建設，已形成了一支學術造詣較高、年齡和學緣結構合理、凝聚力強的學術隊伍，共有專任教師36人，科學學位碩士研究生導師23人，博導11人。具有正高級職稱11人，副高級職稱14人，中級職稱5人，且45歲以下中青年教師24人，占教師總人數(shù)的72.7%。固定科研人員隊伍中具有博士學位23人，平均年齡39歲，有海外留學兩年以上經歷的7人。有教育部新世紀優(yōu)秀人才1人，國家現(xiàn)代農業(yè)產業(yè)體系四川創(chuàng)新團隊植物保護崗位專家2人，四川省學術與技術帶頭人3人，四川省學術和技術帶頭人后備人選7人，四川省有突出貢獻的優(yōu)秀專家2人，四川省重點創(chuàng)新團隊1個。基本形成老中青、朝氣蓬勃的教師及研究隊伍。

　　植物保護學科在良好的科研基礎和支撐條件下，近五年來共承擔國家、部省級科研項目66項，橫向合作項目50余項，包括國家自然基金重點項目、面上項目、農業(yè)部公益性行業(yè)專項、國家產業(yè)技術體系、國際合作項目等國家、省級以及校地（企）合作等各類科研項目116項，總經費達3800萬元。在這些科研經費的支撐下，本學科點的科學研究取得顯著成效。近五年教師作為第一作者或者通訊作者在國際國內學術刊物發(fā)表相關學術論文150余篇，其中Nature Communication、Plant Cell、Plant Physiology、PNAS、Physiological and Molecular Plant Pathology、Plant Disease、Plant Pathology等SCI收錄論文60余篇，影響因子3以上SCI收錄論文30余篇，單篇最高他引次數(shù)58次；選育國審和省審品種5個；授權國家發(fā)明或實用新型專利39項；獲省科技進步獎勵10余項，出版專著2部。

　　該學科緊緊圍繞科學研究服務技術、服務三農、服務社會，培養(yǎng)具有高度社會責任感、思維活躍、技術過硬的綜合型植�？萍既瞬�。自招生以來已為國家輸送了大批從事科學研究、科技推廣和管理工作方面的優(yōu)秀人才。遍布20余個省市，與海外多個大學和科研機構建立有人才聯(lián)合培養(yǎng)合作關系。近五年，本學科報考研究生共246人，錄取178人，錄取比例為72.36%，其中第一志愿錄取率為91.6%，生源覆蓋本校及多所兄弟院校。近五年，已畢業(yè)博士生12人、碩士生104人，研究生一次性簽約率93.27%。目前有在讀博士生20人，碩士生95人，海外留學博士生5人。近五年，畢業(yè)或在讀研究生發(fā)表論文48篇，其中SCI論文28篇。

　　本學科與美國、澳大利亞、英國等國外多所院�；蜓芯克�和中國科學院、中國農科院有著良好的合作關系。學科主要優(yōu)勢表現(xiàn)在科研基礎扎實，學術積累較為豐厚，研究方向穩(wěn)定，學術隊伍整體優(yōu)勢強；高度重視科研平臺建設、科研實驗條件和設施完備，較早地實現(xiàn)了現(xiàn)代生物技術與傳統(tǒng)植保的結合，在作物的抗病蟲性機理、抗病性的利用、病蟲害生物防治、種衣劑的研發(fā)與應用、病蟲害發(fā)生流行規(guī)律與綜合治理等方面的研究成果達到國內國際先進水平。堅持科技創(chuàng)新與高水平人才培養(yǎng)相互促進，注重農業(yè)科技服務與科研、教學三者密切結合，立足四川、服務西南，現(xiàn)已成為具有區(qū)域特色的現(xiàn)代植物保護學科研究中心和人才培養(yǎng)基地。

　　090401植物病理學

　　植物病理學是四川農業(yè)大學“211”工程建設的重點學科之一，具有較好的研究生培養(yǎng)條件和指揮力量。本學科自1984年獲碩士授予點以來，為社會培養(yǎng)了大批本學科高技術人才�，F(xiàn)有指導教師10人，其中教授（含研究員）6人，省學術和技術帶頭人后備人選3人，在相關專業(yè)招收博士生導師2人。本學科已在植物抗病機制、真菌資源與分類、果樹病毒病防除、生物防治和分子植物病理學領域等取得了豐碩的成果。指導教師普遍承擔有省部級以上重大科研項目，擁有充足的研究經費。本學科現(xiàn)供研究生用普通實驗室4個，綜合實驗室1個，分子植物病理實驗室1個，配有高速冷凍離心機、PCR儀、超純水系統(tǒng)、凝膠成像系統(tǒng)、數(shù)碼顯微圖像系統(tǒng)、酶聯(lián)免疫配套系統(tǒng)等儀器設備。

　　090402農業(yè)昆蟲與害蟲防治

　　四川農業(yè)大學農業(yè)昆蟲與害蟲防治學科2000年獲碩士學位授權點，屬植物保護一級學科下重要的二級分支學科，主要研究農業(yè)害蟲發(fā)生規(guī)律、成災機理、監(jiān)測預警及控制技術，為綠色食品、有機食品生產及農產品質量安全提供重要保障。學科師資力量較強，學緣結構好，儀器設施配套完善，具有昆蟲觸角電位系統(tǒng)、體視顯微照相系統(tǒng)、紫外分光光度計、冷凍離心機、超純水系統(tǒng)、PCR儀和凝膠成像系統(tǒng)、人工智能氣候箱、昆蟲養(yǎng)蟲室等儀器設施。學科組導師承擔多項省部級及橫向合作科研項目，研究經費充足，在昆蟲生態(tài)與害蟲治理、害蟲生物防治方向招收研究生。

　　090403農藥學

　　農藥學為植物保護二級學科碩士學位授權點，有碩士研究生導師3名，長期從事生物源農藥的開發(fā)和利用、有害生物抗藥性監(jiān)測與治理、農藥殘留分析、農藥制劑加工等研究，形成了“農藥毒理學”和“生物源農藥”兩個穩(wěn)定的研究方向。本學科擁有四川省高等學校重點實驗室“四川農業(yè)大學無公害農藥研究實驗室”，實驗室設備齊全，可基本滿足農藥相關領域研究的需求。目前學科組導師主持或主研省部級科研項目多項，與國內外多家農藥企業(yè)有長期的合作關系，研究經費充足。